UNESCO Ayasofya'nın sınırları aşan değerinin Dünya Kültür Mirası olarak kabul edilmesinde önemli olduğunu, son kararınsa Ayasofya'nın bu evrensel değerine yapacağı etkinin soru işaretleri yarattığını belirtti. Açıklamada ayrıca Dünya Kültür Mirası listesindeki yapıların statülerinde yaılacak değişikliğin UNESCO'ya birdirilmiş olması gerektiği de hatırlatıldı. "Türkiye'nin bizi önceden bilgilendirmemiş ve bu konuda diyalog başlatmamış olması üzücü." denilen açıklamada Türk yetkililerden konu hakkında diyalog kapısını açmaları talep edildi. "Ayasofya'nın statüsü değiştirilecekse öncesinde bize bildirilmeli" UNESCO, Danıştay kararı açıklanmadan önce yaptığı açıklamada da Ayasofya'nın statüsüyle ilgili yapılacak bir değişiklikle ilgili kendisine bilgi verilmesi gerektiğini ve bu değişikliklerin Dünya Kültür Mirası Komitesi'nin incelemesine tabi olabileceğini belirtmişti. UNESCO'dan Reuters haber ajansına yapılan açıklamada, Ayasofya'nın müze olarak Dünya Kültür Mirası listesinde yer aldığını ve bunun bazı yükümlülük ve hukuki müeyyideleri beraberinde getirdiği belirtildi. BBC'nın aktardığı habere göre UNESCO, "Bu nedenle, devletler sınırları içerisindeki miras listesindeki mekanların evrensel değerlerine zarar verecek herhangi bir değişiklik yapılmamasını sağlamalıdır. Yapılacak değişikliklerin ilgili devlet tarafından önceden UNESCO'ya bildirilmesi gerekiyor ve gerekli durumlarda bunun Dünya Kültür Mirası Komitesi tarafından gözden geçirilmesi de söz konusu olabilir" denildi. UNESCO, konuyla ilgili kaygılarını Türkiye'ye mektup yazarak birkaç kez dile getirdiklerini ifade etti. UNESCO, "Türk makamlarına bu mekanın evrensel değerine zarar verebilecek bir karar alınmadan önce diyalog başlatma çağrısı yapıyoruz" dedi. "Eşi benzeri olmayan mimari başyapıtlardan biri" Ayasofya, 1985 yılında Dünya Kültür Mirası listesine alındı. UNESCO'nun web sitesinde Ayasofya, Bizans ve Osmanlı dönemlerinin "eşi benzeri olmayan mimari başyapıtlarından biri" olarak tanımlanıyor. UNESCO, Ayasofya'nın inşa edildikten sonraki dönemlerde önce kilise, daha sonra camilere ilham verdiğini belirtiyor. Yunanistan, geçen ay içerisinde UNESCO'ya yazdığı mektupta, Ayasofya'nın evrensel karakterinden sapmasına izin verilmemesi gerektiğini söylemişti.