Bölgede oluşturulan sahra hastanesinden bir doktor, 1000'den fazla kişinin de yaralı olduğunu belirtti.
Sağlık Bakanlığı ise ölü sayısını 20, yaralı sayısını da 177 olarak açıkladı.
Hem Mursi yanlıları hem de karşıtları gece boyunca protesto gösterileri düzenledi.
'Öldürmek için ateş ediyorlar'
Tahrir Meydanı'nda 3 Temmuz'da Mursi'yi deviren orduya destek için düzenlenen gösteriye on binlerce kişi katıldı.
Genelkurmay Başkanı Abdülfettah el Sisi halka sokağa çıkarak "terörle ve şiddetle mücadelesinde orduya desteklerini göstermeleri" çağrısında bulunmuştu.
Protesto gösterilerinin düzenlendiği İskenderiye'de de en az 10 kişinin öldüğü haber veriliyor.
İçişleri Bakanı Muhammed İbrahim, sabahın ilk saatlerindeki açıklamasında Mursi yanlılarının kamp kurduğu Adeviyye Meydanı'ndaki protestoları "kanuna uygun bir şekilde sona erdireceklerini" söylemişti.
Bölgede hala on binlerce Mursi taraftarı bulunuyor.
Çatışmaların bazı protestocuların bölgedeki bir ana yolu trafiğe kapamasından sonra güvenlik güçlerinin müdahalesiyle başladığı belirtiliyor.
Mısır resmi haber ajansı Mena'ya göre bir güvenlik yetkilisi, çatışmalarda ateşli silah kullanmadıklarını, eylemcilere sadece göz yaşartıcı gazla müdahale ettiklerini söyledi.
Söz konusu yetkili, rakip gruplar arasındaki çatışmaları durdurmaya çalıştıklarını, olaylarda sekiz güvenlik görevlisinin de yaralandığını belirtti.
Fakat Müslüman Kardeşler'in sözcüsü Cihad el Haddad, Reuters ajansına "Yaralamak için değil öldürmek için ateş ediyorlar" dedi.
Müslüman Kardeşler'in önde gelen yetkililerinden Saad El Hüseyni de aynı ajansa, güvenlik güçlerinin protestocuları camii çevresinden uzaklaştırmaya çalıştığını söyledi.
Hüseyini, "Beş saat boyunca gençleri meydandan çekilmeleri için ikna etmeye çalıştım. Başaramadım. Kanla bedel ödediklerini ve çekilmeyeceklerini söylüyorlar" dedi.
Genelkurmay Başkanı'na öfke
Ülkenin demokratik yollarla seçilen ilk Cumhurbaşkanı Muhammed Mursi'nin devrilmesinden sonra çıkan çatışmalarda onlarca kişi hayatını kaybetti.
Mursi dün savcılık tarafından Filistin'de Gazze'nin yönetimini elinde bulunduran ve Müslüman Kardeşler'le yakın bağları olan Hamas'la işbirliği yaparak 2011'de Hüsnü Mübarek'i deviren ayaklanma sırasında hapishanelere saldırılar düzenlemekle suçlandı.
Ocak 2011'de Kahire'deki bir hapishanede çıkan ayaklanmada aralarında Mursi ve bazı üst düzey Müslüman Kardeşler yetkililerinin de bulunduğu 34 kişi kaçmıştı.
Mahkeme Mursi'nin sorgusu için 15 gün gözaltına kalmasına karar vermişti.
