Büyük tartışmalara yol açan ve İsrail tarafından sert şekilde eleştirilen yönergelerin ikinci maddesinde, Haziran 1967'den beri İsrail işgali altında bulunan topraklar, Golan Tepeleri, Gazze Şeridi ve Doğu Kudüs'ü de içine alan Batı Şeria olarak tanımlandı ve buraların İsrail toprağı olmasının kabul edilemeyeceği vurgulandı. Yayımlanan yönergelerin üçüncü maddesinde konuya vurgu yapılırken, "AB, İsrail'in sözkonusu bölgelerden hiçbirisi üzerindeki egemenliğini tanımaz ve İsrail hukukuna göre statüleri ne olursa olsun bu toprakları, bu ülkenin toprak parçası olarak kabul etmez.. AB, 1967 öncesi sınırlar üzerinde, Ortadoğu Barış Süreci çerçevesinde ilgili tarafların üzerinde anlaşmaya vardıklarının dışında yapılan hiçbir değişikliği kabul etmez.. AB Dışişileri Konseyi, İsrail ile yapılan anlaşmaların, bu ülkenin sadece AB tarafından tanınan toprak parçlarıyla sınırlandırılmasının önemini vurgular" ifadesi yer aldı. Yönergelerde, AB tarafından tanınmayan bölgelerdeki İsrail yerleşimlerinin AB yardımları, fonları ve burslarından faydalanamayacağı ve açıklanan yönergelerin, ekonomik, bilimsel, kültürel, sportif ve akademik işbirliği dahil AB ve İsrail arasındaki bütün ortak çalışmalar için geçerli olduğu belirtildi. 2002 verilerine göre toplam ihracatı 47,7 milyar avro olan İsrail, bunun 12,6 milyar avrosunu en büyük ticaret ortağı olan AB'ye gerçekleştiriyor. İsrail'in 52,3 milyar avroluk ithalatının 17 milyar avrosu ise AB ülkelerinden geliyor. Getirilen kısıtlamalar Filistinlileri etkilemeyecek Konuya ilişkin açıklanan yönergelerin 3. maddesinde ayrıca, AB'nin getirdiği kısıtlamaların sözkonusu bölgelerde yaşayan Filistinlilere ait oluşumları kapsamadığının altı çizildiı. Yönergede bu kısıtlamaların " sözkonusu bölgelerdeki Filistinlilere ait oluşumlara, bu oluşumların sözkonusu bölgelerde yürüttükleri faaliyetlere ve bu faaliyetleri yürütmek amacıyla oluşturulmuş ayrıcalıklı şartlara yönelik, yardımlar, ödüller ve finansal araçlar biçiminde verilen AB desteğini" kapsamadığı ifadesi yer aldı. Sözkonusu maddede kısıtlamaların, "Bir tarafta Filistin Kurtuluş Örgütü veya Filistin Yönetimi diğer taraftaysa AB'nin olduğu hiçbir anlaşma için de geçerli olmadığı" özellikle vurgulandı. AB'nin daha önce resmi gazetede yayımlanacağını ilan ettiği yönergeler, İsrail yönetiminin sert tepkisiyle karşılaşmıştı. İsrail Başbakanı Binyamin Netanyahu konuya ilişkin yaptığı açıklamada, "Sınırlarımıza dışarıdan yapılacak bir dayatmayı kabul etmeyeceğiz" sözleriyle AB'nin kararını sert bir dille eleştirmişti. Ashton: Yönergeler "AB'nin uzun süreden beri bilinen tutumunu pekiştiriyor" AB Dışilişkiler ve Güvenlik Politikaları Yüksek Temsilcisi Catherine Ashton da AB yönergelerinin resmi gazetede yayımlanmasının ardından yaptığı açıklamada, yönergelerin yayımladığı belgenin AB'nin konuya ilişkin uzun bir süreden beri bilinen tutumunu pekiştirdiğini belirtti. Ashton kendi resmi internet sayfasından yayınladığı açıklamada, "Bu belge, AB'nin İsrail ile yaptığı ikili anlaşmaların,Haziran 1967'den sonra İsrail yönetimine geçen toprakları kapsamadığına ilişkin uzun bir süreden beri sahip olduğu tutumunu bir kez daha yinelenmesidir" dedi. Belgenin, 2014'te başlayacak mali perspektif toplantında AB ile İsrail arasında yapılacak anlaşma görüşmeleri öncesinde AB'nin tutumuna açıklık getirmeyi amaçladığına işaret eden Ashton, bunun, hiçbir şekilde İsrail ile Filistin arasında yapılacak barış görüşmelerinin sonucuna ön yargıyla yaklaşıldığı şeklinde yorumlanamayacağını ifade etti. Ashton açıklamasında, "AB, İsrail ile Filistin arasında yürütülen görüşmelere derinden bağlıdır ve ABD Dışişleri Bakanı John Kerry'nin bu son derece hassas devrede görüşmeleri yeniden başlatmak konusundaki yoğun girişimlerine tam destek vermektedir. Bu yolla, iki taraf arasında bir barış anlaşmasına yol açan, anlamlı, sürdürülebilir görüşmelere olanak veren bir atmosfere daha fazla kaktıda bulunmayı ümit ediyoruz" ifadesini kullandı. Yönergelerde sözedilen belirgin hükümlerin 1 Ocak 2014'ten itibaren uygulamaya konulacağına dikkati çeken Ashton, "bu arada İsrail ile geniş bir çerçevede yeralan ikili meseleler hakkında birlikte çalışmayı ve görüşmelerde bulunmayı sabırsızlıkla beklediklerini" belirtti. Ashton AB'nin bu arada İsrail'i AB ile yapacağı şu an hazırlık aşamasında olan anlaşmaların, topraklara ilişkin kapsamı konusunda görüşmelerde bulunmaya davet ettiklerini kaydetti.